Встреча с инопланетянами закончилась для землян разгромом лунной базы. Вскоре БЕТА уже развернули наступление на Земле. Человечеству с трудом удалось сдержать врага на подступах к Евразии при помощи наспех собранных гигантских роботов. Япония долгое время оставалась в безопасности, но здесь активно велась подготовка воинов, способных управлять боевыми роботами.
Юй Такамура является одной из курсантов элитной школы пилотов. Когда БЕТА вторгаются в Японию, ей и ее сокурсникам приходится вступить в бой. Многие погибли, но Юй сумела не только выжить, но и набраться опыта. Ее отправляют координатором в секретную лабораторию на Аляске, где ученые создают новое поколение роботов, которые должны будут сыграть в войне решающую роль.